Chùa Thanh Nguyên ở sườn ngọn núi giữa cụm núi Đồng Cổ, thuộc làng Đan Nê, xã Yên Thọ, huyện Yên Định, tỉnh Thanh Hóa, chưa rõ sự tích và niên đại khởi dựng.