Chùa Trường Thọ là một ngôi cổ tự lâu đời, căn cứ một số tài liệu và sự tích dân gian, những dấu tích còn bảo lưu ở chùa, có thể khẳng định chùa được thành lập khoảng thế kỷ 18 - đời Cảnh Hưng (1740 - 1786).

Căn cứ long vị thờ tự, Tổ khai sáng chùa là ngài Hoằng Kim gốc ở chùa Vạn Thiện, Diên Khánh.

Sau khi thọ pháp với một vị cao tăng thời bấy giờ ở phủ Diên Khánh, ngài Hoằng Kim xin thầy vân du khắp nơi trong vùng. Ðến phủ Bình Khang (tức Ninh Hòa ngày nay), Ngài đứng bên bờ sông Dinh, cắm tích trượng bên bờ sông đầy cát trắng lập ra thảo am tu thân và hành đạo. Ðó là tiền thân của ngôi chùa Trường Thọ ngày nay được sáng lập bởi tổ Hoằng Kim và đó là lý do vì sao mà người dân gọi chùa Trường Thọ là chùa Cát.

Chùa hiện còn lưu giữ nhiều di vật cổ như: đại hồng chung (do Tổ khai sơn Hoằng Kim chủ trì đúc vào năm Đinh Mão - 1807); pho tượng Hộ pháp cổ, cao 1m80; bảng hiệu chùa bằng chữ Hán chạm khắc trên gỗ, một tấm bia gỗ khắc chữ Hán, một cây xiên bằng gỗ có khắc hàng chữ: “Tự Đức Nhâm Ngọ niên đồng trùng tạo” tức là niên hiệu Tự Đức, năm Nhâm Ngọ (1882) trùng tu chùa.

Chùa Trường Thọ đã được trùng tu nhiều lần, dấu tích còn ghi lại qua các niên đại năm 1882 thời Tự Đức, năm 1944, 1992,… đặc biệt năm 2010, chùa Trường Thọ được đại trùng tu, gồm các hạng mục: cổng tam quan, chánh điện, nhà Tổ, đài Quan Âm, Hộ Pháp, nhà Tăng, nhà khách, lớp học tình thương…

Ngày nay, chùa Trường Thọ là ngôi già lam thanh tịnh, trang nghiêm, không chỉ là nơi Phật tử lễ bái và tu học mà còn là trung tâm sinh hoạt văn hóa tâm linh của người dân thị trấn Ninh Hòa.