Tương truyền Ngô Thì Nhậm và Đặng Trần Thường có quen biết với nhau.
Lúc Ngô Thì Nhậm được vua Quang Trung trọng dụng thì Đặng Trần Thường đến xin Nhậm tiến cử. Trông thấy vẻ khúm núm làm mất phong độ của kẻ sĩ, Nhậm thét bảo Thường: Ở đây cần dùng người vừa có tài vừa có hạnh, giúp vua cai trị nước. Còn muốn vào luồn ra cúi thì đi nơi khác.
Đặng Trần Thường hổ thẹn ra về, rồi vào Nam theo Nguyễn Phúc Ánh.
Sau khi nhà Tây Sơn mất, các võ tướng và một số quan văn bị giải về Hà Nội để bị xử phạt đánh bằng roi ở Văn Miếu, trong số đó có Phan Huy Ích và Ngô Thì Nhậm. Chủ trì cuộc phạt đánh đòn đó là Đặng Trần Thường. Vốn có thù riêng, Đặng Trần Thường kiêu hãnh ra vế câu đối cho Ngô Thì Nhậm:
Ai công hầu, ai khanh tướng, cuộc trần ai, ai dễ biết ai
Ngô Thì Nhậm khảng khái đáp:
Thế Chiến Quốc, thế Xuân Thu, gặp thời thế, thế thời phải thế
Sau sự việc trên, ông bị đánh bằng roi tẩm thuốc độc nên chết. Trước khi chết ông có viết bài thơ gửi tặng Đặng Trần Thường. Bài thơ này như là một lời tiên đoán trước số mệnh của Đặng Trần Thường.
Ông để lại cho đời nhiều tác phẩm có giá trị trong kho tàng văn học cổ Việt Nam.
Ủng vân nhân vịnh Ngọc đường xuân khiếu
Cúc hoa thi trận Thu cận dương ngôn
Cẩm đường nhàn hoài
Hoàng hoa đồ phả hay
Hoa Trình gia ấn thi tập
Hàn các anh hoa
Hải Dương chí lược
Kim mã hành dư
Xuân thu quản kiến
Bang giao hảo thoại
Bang giao lục
Trúc Lâm tông chỉ nguyên thanh
Tam thiên tự giải âm
Hải Dương chí lược
Các bộ Bang giao hảo thoại, Bang giao lục...
đã có những đóng góp lớn cho việc bang giao giữa triều Tây Sơn với triều Càn Long (Trung Quốc) (giúp hai nước tránh khỏi nạn chiến tranh sau khi quân Thanh đại bại ở Thăng Long năm 1789. Bộ Hải Dương chí lược (4 quyển), chép về núi sông, phong tục, nhân vật... cả xứ Hải Dương. Theo sách Ngô gia thi phổ thì ông soạn sách này xong khoảng trước năm 1772 khi ông làm việc ở trấn Hải Dương trước khi đỗ Tiến sĩ 3 năm.
Bộ Xuân Thu quản kiến (12 quyển) do ông biên soạn về nội dung 5 truyện của kinh Xuân Thu gồm:
-
Công Duyên truyện, sách truyện kinh Xuân Thu của Công Dương Cao, người nước Tề, sinh vào cuối đời Chu là học trò Tử Hạ.
-
Tức là sách Tả thị xuân thu, tác giả là Tả Khâu Minh, người đồng thời với Khổng Tử.
-
Cốc lương truyện, sách truyện kinh Xuân thu của Cốc Lương Xích cũng là học trò Tử Hạ.
-
Hồ truyện tức là sách Xuân thu Hồ thị truyện, gồm 30 quyển, tác giả là Hồ An Quốc người đời Nam Tống cho nên trong sách phần nhiều liên hệ với thời sự.
-
Trình truyện tức là sách truyện Kinh Xuân thu của Trình Tử đời Tống.
Đầu sách có bài Tựa của tác giả viết năm 1786 ghi là: Việt Nam hậu học Hy Doãn Ngô Thì Nhậm tự. Cảnh Hưng Bính Ngọ mộ xuân kí vọng, thư vu Vũ Tiên chi Lệ Trạch am, nghĩa là: Hậu học người Việt Nam là Ngô Thì Nhậm, tên tự là Hy Doãn tự đề bài tựa, ngày 16 tháng cuối xuân tháng 3 tại am Lệ Trạch ở đất Vũ Tiên.
Bắt đầu từ thân sách, dưới mỗi sự việc chép trong Kinh Xuân Thu của Khổng Tử, tác giả ghi rõ lời chú thích trích trong các sách: Tả truyện, Công dương, Cốc lương, v.v... rồi chua thêm ý kiến và lời bàn của mình, bắt đầu bằng hai chữ “quản kiến”.
Sau đây là mục lục 7 cuốn:
Cuốn 1. Từ Lỗ Ẩn Công (722-712, tr. Cng đến Hoàn Công (711-694, tr. C.ng).
Cuốn 2. Từ Trang Công (693-662, đến Mẫn Công (661-60, tr. C.ng).
Cuốn 3. Từ Hi Công (659-627) đến Văn Công (626-609, tr. C.ng).
Cuốn 4. Từ Tuyên Công (608-591 tr. C.ng.) đến Thành Công (590-573, tr. C.ng)
Cuốn 5. Từ Tương Công (572-542 tr. C.ng).
Cuốn 6. Từ Chiêu Công (641-510 tr. C.ng).
Cuốn 7. Từ Định Công (509-495 tr. C.ng) đến Ai Công (494-468 tr. C.ng).
Bộ Tam thiên tự giải âm là một quyển sách dạy vỡ lòng cho người mới học chữ Hán, ước chừng 3.000 chữ thông thường. Sách ấy đã từng có tác dụng quan trọng trong việc truyền dạy chữ Hán và ngày nay cũng còn giúp ích cho chúng ta trong việc nghiên cứu ngôn ngữ, văn tự của nước ta.
Về tác giả thì bản in nói trên và cả hai bản khác có chung nguồn gốc với nó là sách Tam thiên tự giải dịch quốc ngữ của nhà Liễu Văn Đường và sách cùng tên của Tổng Đường Phát Diệm. Tuy vậy, trong bản khắc năm 1831 nói trên ta thấy có in một tên gọi khác của sách ấy là Tự học toản yếu. Xem sách Kim mã hành dư của Ngô Thì Nhậm (trong bộ Ngô gia văn phái, kí hiệu A. 117), ta thấy có bài tựa sách Tự học toản yếu, trong đó Ngô Thì Nhậm nói rõ về việc ông đã soạn sách này. Đọc bài tựa ấy, chúng ta có thể xác định sách Tam thiên tự giải âm, hay còn gọi là Tự học toản yếu, chính là công trình biên soạn của Ngô Thì Nhậm đã hoàn thành và đem in lần thứ nhất vào cuối thế kỉ XVIII.
Khi đặt tên cho sách này, có lẽ Ngô Thì Nhậm chịu ảnh hưởng sách Tam thiên tự của Từ Côn Ngọc (Trung Quốc) mà Nguyễn Huy Oánh đã in trong sách Sơ học chỉ nam.